踩坑日记[生信等][2024]

生信>踩坑日记
2.4k 词

scRNA-seq(R)

[2024-07-25]Rstudio server的Python venv配置

有时候安装设置完之后即使看到配置成功了，但是还是无效，试着重启一下吧。

[2024-12-15]Read10x()在Seurat V5中新功能的表现（多数据库报错）

在V5中，Read10x()可以读取一个目录的列表，直接整合成一个表达矩阵，但是实测在遇到基因没法对应的多个样本时会报Error in cbind.Matrix(x, y, deparse.level = 0L) : number of rows of matrices must match，还会卡住。
并且运行速度慢于lapply()分别读取（虽说这样还要merge、JoinLayers吧），还会产生没法回收的内存垃圾。

[2024-12-15]Read10x()在Seurat V5中新功能的表现（多数据库报错）

在V5中，Read10x()可以读取一个目录的列表，直接整合成一个表达矩阵，但是实测在遇到基因没法对应的多数据库时会报Error in cbind.Matrix(x, y, deparse.level = 0L) : number of rows of matrices must match，还会卡住。
并且运行速度慢于lapply()分别读取（虽说这样还要merge、JoinLayers吧），还会产生没法回收的内存垃圾。

[2024-12-17]基因ID转换

从前用的org.Hs.eg.db之类的，但是他们的转换率不太行。
换用biomaRt，但是注意，举例来说，biomRt不仅会扔掉一些没法识别的ENSEMBL，还会把一些转换成NA，一些转换成""，需要特殊处理一下。

[2024-12-16]去污染的重要性

当感觉快寄了的时候，不妨试试decontX之类的。

[2024-12-17]seurat V5获取表达矩阵的方式

在V5中，object@assays$RNA@layers$counts获取到的数据没有行名和列名，跑decontX没问题，但是copyKAT之类的就不行，可以用GetAssayData(object[["RNA"]], layer = "counts")获取。

[2024-12-17]inferCNV注意事项

  • 参考太大或许会造成run()卡在绘图上，可以设置no_plot = TRUE不出图。
  • 但是设置不出图的话，infercnv.observations.txt之类的文件也不出了（令人惊喜），可以设置write_expr_matrix = TRUE输出。如果要补救不想重跑，可以读取[email protected]。
  • inferCNV每次运行都会检查输出目录里是否存在之前跑的文件并读取跳过（infercnv/issues#183）。

杂项

[2024-11-28]DeepLabCut不更新.\training-datasets\iteration-0\UnaugmentedDataSet_projectName\metadata.yaml

在仅有pytorch的本地标注好训练集之后手贱创建训练集出shuffle0，之后在仅有tensorflow服务器上以默认参数再创建一次就会出现shuffle1，而metadata.yaml不会更新，服务器上训练没问题，但此时再回本地推理就会找不到实际上使用的shuffle。

[2024-12-15]conda镜像源配置

一般说是 

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
但是不行，根据tuna/issues#985，直接改成 
1
2
3
4
5
6
7
8
channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
show_channel_urls: true
成功。

[2024-12-15]BiocManager镜像源设置

网络没问题，旧版本BiocManager要么慢死，要么镜像url不对，怎么啥都安不上呢，看报错似乎是镜像的问题。
tuna/issue#1969，好好好，降本增效。
两种办法：

  • 更新R和BiocManager的版本
  • 使用西湖大学的镜像options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")