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[2025-02-24]seurat V5对象转adata对象
据说对于V4和之前的版本，SeuratDisk可以用，V5则要转回V3的assay。
还有另一个包SCP，里面的srt_to_adata()中，特征元信息用的变量名是meta.features，但根据这个issue，Assay5对象的特征元信息变量名也改成了meta.data，需要改一下源码里的变量名。
还有另一个问题，目前这里面转出来的adata对象的write_loom()方法有些问题，特征名样本名都没了，但write_h5ad()方法可以用。
[2025-02-25]scenic用到的genome ranking database
在这里面找就好了。
还有，先装个docker或者singularity再跑pySCENIC都比arboreto_with_multiprocessing.py要快。另外他们文档里singularity的部分写错了，按格式写就好。
[2025-02-28]reticulate查看已安装包信息
才发现也才意识到以前的不对劲，py_config()可能不会列出所有包，要用py_list_packages()。